中央廚房冷鏈系統的工藝流程設計，主要包含動線的規劃與溫區的設置。其中，中央廚房動線的規劃，相比冷鏈物流中心的動線規劃更加復雜，主要包括人流、物流、氣流，以及廢棄物、容器輸送與回收等的動線。貨物與人員的流動，不能阻斷、迂回、繞行和相互干擾，動線要合理流暢。
人流動線一般包括生產人員更衣消殺、由人員入口進入各個生產車間，低潔凈區人員不能進入高潔凈區，生產人員中途休息后需重新更衣消殺。
物流動線通常有原材料輸送、配料輸送、不同工序生產加工、生產完成后稱重包裝打包等環節。
氣流主要有各個車間的氣流組織，氣流組織需要確定各生產區、功能區的正負壓，基本原則是高清凈、干燥防潮的環境需要保持正狀態，使室內空氣向外流動，使油煙、蒸汽不能進入室內污染環境和食品，產生油煙、蒸汽、異味、潮濕、余熱的環境要保持負壓狀態，使室外氣流向內流動，實施氣流流程控制。
廢棄物流主要是生產過程中產生的固體廢棄物，如菜葉根皮、紙箱塑料泡沫等包裝物等，廢棄物就地收集，就近通過專用通道轉移至廠房外部。
動線的規劃，需要在滿足工藝要求之下，在各個作業區之間合理布置出最佳即最短的動線，避免不合理搬運，設置適合的搬運手段和設備。同時，要保證消防疏散通道的快速與快捷性。
不同溫區的規劃設置，需要滿足中央廚房內不同種類、不同環節中的食材存儲與配送，包括食材、配料、包材等在內的原材料，其儲存區應按照貨物要求配置溫區，如冷凍庫、冷藏庫、常溫庫；容易串味的食材還需注意分隔儲存，如水產、香辛料等。
要按照儲存規模、周轉速度與廠房建筑條件，來規劃物流收儲發模式，品種單一、貨量大的原材料可盡量采用貨架儲存甚至自動化儲存。此外，原材料在物流管理上需做到“先進先出”。各個生產環節工作區內的溫度基本按照適合人員操作的適宜溫度設置，不可過低或過高。
產品完成內包裝后進入成品物流作業，包括成品裝箱、貼碼、碼垛入庫或者直接出庫配送。中央廚房多數產品生產完成后不會全部進入成品庫，等待后續訂單再發貨，有一些成品從生產線下來就進入分揀配送作業區，完成分揀集貨后直接配送出去，尤其是冷藏即食類產品與熱鏈產品。這兩類產品保質期很短，生產完成后需及時配送。成品庫按照產品特性設置溫區，多數為冷凍庫，少量冷藏庫。針對運輸配送環節，通常又可分為冷鏈、熱鏈兩種，運輸設備基本采用全封閉廂式貨車、不銹鋼保溫箱等。
在當前預制菜迅猛發展的機遇下，中央廚房及相關冷鏈系統的建設再度成為冷鏈行業關心的問題。如何規劃建設好中央廚房的冷鏈系統，需要從產品特性、工藝流程、運營模式、園區建筑、投入產出等多方面進行專業研究，互相均衡，才能盡量為中央廚房的順利投產和運行提供保障。
